Benito Juárez se convierte en presidente del país en 1858, con la firme intención de imponer un ideario político liberal que buscaba la separación definitiva entre el Estado y la Iglesia; la igualdad de todos los mexicanos ante la ley y la defensa de las garantías individuales; el establecimiento de la libertad de enseñanza, de imprenta, de comercio, de trabajo y de asociación; la nacionalización de los bienes eclesiásticos, la libertad de cultos y la desaparición de las comunidades religiosas; y la organización del país como una república federal por estados con poder autónomo. Todos estos preceptos quedarían establecidos en las leyes Juárez, Lerdo e Iglesias, en la Constitución de 1857 y en las propias Leyes de Reforma emitidas por Juárez durante su presidencia.
Sin embargo, este proceso no fue fácil. Una de las etapas más sangrientas de nuestra historia, la Guerra de Reforma o de los tres años, de 1858 a 1860, se derivó precisamente del esfuerzo por establecer el orden republicano federal y los objetivos liberales. Los conservadores desconocieron a Benito Juárez como presidente, nombrando a Félix María Zuloaga, y en la lucha entre ambos bandos se acudió incluso al apoyo económico y militar de naciones extrajeras: los conservadores a Europa y los liberales a los Estados Unidos. Este conflicto culminaría con la derrota del ejército conservador en los llanos de Calpulalpan en 1860.