Desde los 25 años de edad, Juárez comienza a desempeñar diversos cargos públicos: regidor del ayuntamiento de Oaxaca (1831), diputado del congreso local (1833) y juez de lo civil (1841). Fue magistrado interino de la Corte del Estado, secretario del despacho de Gobierno estatal y finalmente, de 1847 a 1852, gobernador de Oaxaca. Durante todo este tiempo el proceso de consolidación del Estado mexicano fue muy arduo y difícil. Las guerras provocadas por la Independencia habían dañado seriamente la economía. En el ámbito internacional hubo una gran resistencia para reconocer a México como nación independiente, y dentro de la propia sociedad mexicana existían fuertes desacuerdos sobre cual debía ser la organización política del país: monarquía, república centralista, república federal. Esta inestabilidad se reflejó también en las débiles relaciones entre los estados y la capital, y en la ausencia de control sobre la totalidad del territorio, lo que llevaría a la pérdida de la mitad de los dominios en 1847. A pesar de la situación que se vivía en el país, Juárez, como gobernador, pudo mantener cierta calma en el estado y logró avances importantes en la educación, el comercio y la minería. Sin embargo, su tendencia claramente liberal provocó que Santa Anna, en ese entonces presidente, lo confinaría a Veracruz de donde saldría desterrado a Cuba en 1853. De allí, Juárez consiguió partir de Nueva Orleans, en donde encontraría relaciones con destacados miembros del Partido Liberal Mexicano, que como él estaban en el exilio.
