Pero existía una visión que defendía la participación de la Iglesia en los asuntos del gobierno, que deseaba conservar los privilegios militares y religiosos y que pugnaba por el establecimiento fuertemente centralizado como medio para imponer un orden que el país necesitaba. Esta era la visión de los conservadores.
Desde que Juárez asumió la presidencia, sus acciones causaron el desacuerdo de los conservadores, convirtiéndolo en el blanco de constantes ataques y críticas, y considerando su proceder como contrario a los intereses y necesidades del país. Además, por su prolongada permanencia como presidente, puesto que duraría más de 15 años (1858 a 1872), llegaron a considerarlo incluso como un dictador.
Tras la intervención francesa en México (1862), motivada por la reclamación de Francia del cobro de deudas al gobierno mexicano, los conservadores pidieron a ese país traer como gobernante de México a un príncipe europeo. Es así que llega en 1864 el archiduque Fernando Maximiliano de Habsburgo, acompañado de su esposa, la princesa belga Carlota. Nuevamente se desencadenaría una serie de enfrentamientos armados, y Juárez se vería en la necesidad de trasladar su gobierno constantemente, desde Querétaro hasta Paso del Norte (hoy Ciudad Juárez). Fue hasta julio de 1867 cuando los ejércitos liberales lograron sitiar a Maximiliano en Querétaro, fusilándolo en el Cerro de las Campanas.